消費税については、販売のあった年に販売価額で（課税）売上として計上します。 所得税法上、収穫基準を適用する場合であっても、消費税法上は収穫基準とは関係ありません。

そもそも農業所得は何でしょうか。

1. 米、麦その他の穀物、馬鈴しょ、甘しょ、たばこ、野菜、花、種苗その他のほ場作物、果樹、樹園の生産物又は温室その他特殊施設を用いて行う園芸作物の栽培を行うもの
2. 繭又は蚕種の生産を行うもの
3. 主として①又は②に該当する物の栽培若しくは生産する者が兼営するわら工品その他これに類する物の生産、家畜、家きん、毛皮獣若しくは蜂の育成、飼育、採卵もしくはみつの採取又は酪農品の生産を行うもの

※業種分類上、上記①及び②に該当する事業を営む者が兼営する牛、馬育成業、養鶏業、酪農業、養蜂業、養豚業については、「畜産農業」として「農業所得」に分類し、それ以外の者が営むものは、「畜産業」として「その他の事業所得」に分類されます。
 
収穫基準とは、農産物などの収穫が完了し、販売できる状態になった時に収益計上する基準です。
農作物とは次をものをいいます。

1. 米、麦その他の穀物、馬鈴しょ、甘しょ、たばこ、野菜、花、種苗その他のほ場作物
2. 果樹、樹園の生産物
3. 温室・ビニールハウス等の特殊施設を用いて行う園芸作物の栽培を行うもの

農業所得の中でも「農作物」について収穫基準が適用されます。

収穫基準における収入金額は「収穫価額」を用います。「収穫価額」は収穫時における生産者販売価額であり、農産物の裸値（市場等への出荷価格から包装費等の出荷経費を控除した価額）により計算します。

なお、農産物以外については、原則通り、販売時に収入とします。

 農業所得の計算は

農業所得は事業所得の一種類であり、「総収入金額－必要経費=農業所得」として計算します。
収穫基準を適用する場合、以下の2通りの記帳方法があります。

原則法

収穫価額を収入金額に計上すると同時に、同額を仕入金額として計上します。

数値例でみてみましょう。

例：収穫価額（収穫高）1,000万円、期首在庫200万円、期末在庫100万円、販売収入（販売高）1,200万円
①収入金額　：収穫価額1,000万円+販売収入1,200万円=2,200万円
②原価　　　：期首在庫200万円+収穫価額1,000万円−期末在庫100万円=1,100万円
③収入金額計：①−②=1,100万円
 

簡便法

簡便法として、以下の計算もできます。

簡便法と表現しましたが、農業所得用の青色申告決算書、収支内訳書の様式はこちらで計算できるようになっていますので、事実上のスタンダードかと思います。
数値は上記例と同じです。

①収入金額：販売収入1,200万円−期首在庫200万円+期末在庫100万円=1,100万円
②原価　　：計算なし
③収入金額計：①−②=1,100万円

収穫基準を適用しなくてもよいもの

収穫基準の対象となる農産物は、ざっくり言うと消費期限が長いものとなります。

ですので、青色申告者については、米麦等以外の「野菜等の生鮮な農作物」「その他の農作物」の収穫時の記帳は行わず、販売時の数量・単価・金額を記帳するのみで構わないという特例があります。

なお、この「生鮮な農作物」は収穫時から消費までの期間が比較的短いものに限定されますので、果実のうち、みかん・りんご・栗やいも類などは対象外とされています。