予定申告の前に、その基準となる申告の修正申告をしましたが、修正後の額を基に予定申告をするのでしょうか。（または期限後申告）

予定申告は前事業年度の確定法人税額を基に計算します。この場合、確定法人税額とは予定申告の当該事業年度開始の日以後6カ月を経過した日の前日までに確定した法人税額に基づいて判定することになっています。それまでに修正、更正等で税額変更があれば、変更後の税額を基に計算します。
例えば4月1日から3月31日の事業年度の会社が11月末に予定申告をする場合、9月30日までに確定した法人税額に基づき計算します。
10月1日以降に税額が変わっても予定申告の基礎とはしません。